1、准备材料：企业进行境外投资前，需要准备一系列材料，包括企业基本信息、投资项目详情、投资金额、投资方式等，此外还需要提供相关证明文件，如营业执照、法定代表人身份证明、投资协议等。

2、提交申请：准备好所有材料后，企业需要向南京市商务局或南京市工商局等南京市相关部门提交申请材料。提交申请时，您需要填写相关申请表并将所有材料一并提交。

3、审核备案：南京市有关部门对企业提交的申请材料进行审核。审查内容包括投资项目的合法性、可行性以及对国家安全的影响等。审核通过的，南京有关部门将批准该企业境外投资登记。

4、登记备案：审核通过后，企业需向南京市工商行政管理局提交备案批准文件进行登记备案。登记备案的目的是将企业境外投资信息纳入南京市企业数据库，方便相关部门监管和统计。

二、南京市企业境外投资登记注意事项

1、合规性：企业境外投资时，需要保证投资项目的合法性。选择投资项目时，应遵守当地法律法规，了解当地投资政策法规。此外，还需要进行尽职调查，评估投资项目的风险和可行性。

2、资金安全：境外投资涉及资金划转和支付，企业需要保证资金安全。转移资金时应选择合法的渠道和方式，并遵守有关外汇管理规定。此外，还要注意防范投资风险，避免资金损失。

3、国家安全：境外投资可能涉及国家安全问题，企业需要遵守相关国家安全法律法规。选择投资项目时应注意避免投资敏感行业或涉及国家安全的项目。投资项目可能对国家安全产生影响的，企业需要及时向有关部门报告。

4、签订合同：企业进行境外投资，需与投资对象签订相关合同、协议。合同应当明确双方的权利和义务，并约定投资项目的具体内容和投资金额。在签订合同之前，企业应仔细审查合同条款并寻求专业法律意见。

5、税务筹划：境外投资涉及跨境税务问题，企业需要进行合理的税务筹划。境外投资时，应了解当地税务政策法规，遵守相关纳税申报和缴纳义务。此外，您还可以寻求专业的税务咨询服务，降低税务风险和成本。